En los municipios con mayor inseguridad, la participación en la elección judicial fue más baja. En los 20 municipios con mayores niveles de violencia, el promedio de votos emitidos fue de 10.2%, menor al promedio nacional de 12.5-13.3%. Tlajomulco de Zúñiga, Jalisco, tuvo solo 6.1% de participación, con 16,530 votos, en una zona con alta presencia del Cártel Jalisco Nueva Generación y más de 8,500 desaparecidos hasta mayo de 2024. Este municipio, junto con Tlaquepaque, está entre los 30 más peligrosos por homicidio doloso, con una tasa de 45.5 asesinatos por cada 100 mil habitantes en 2023. En Chihuahua, la participación fue de 15.2%, pero el porcentaje de votos nulos fue alto, del 23.5%. Ciudad Juárez, Cuauhtémoc y Chihuahua son municipios con alta inseguridad, con participaciones entre 9% y 12% y votos nulos de hasta 13.5%. En Guanajuato, con altos índices de homicidio, ciudades como León, con 94% de abstencionismo, y Celaya, con apenas 6.8% de participación, reflejan el impacto de la violencia en el voto. En Sinaloa, en medio de una disputa entre cárteles, Culiacán registró solo 10.4% de participación y 10.6% de votos nulos. Zacatecas, con alta inseguridad en Fresnillo, mostró una participación de solo 9%. Sin embargo, municipios en zonas con fuerte presencia de la 4T, como Iztapalapa, Ecatepec, Cancún y Acapulco, superaron el promedio nacional en participación en estas elecciones.
