Isomorphic Labs anunció el desarrollo de IsoDDE, una plataforma de diseño de fármacos asistida por inteligencia artificial que representa un avance significativo respecto a AlphaFold 3, el modelo previo en predicción de estructuras biomoleculares. La nueva herramienta permite planificar medicamentos con una precisión y rapidez sin precedentes, lo que podría transformar el proceso de desarrollo de terapias en la industria farmacéutica.
AlphaFold 3, creado por Google DeepMind y lanzado en 2024, revolucionó la predicción de estructuras proteinicas y complejos biomoleculares, siendo utilizado en investigaciones en más de 190 países. Sin embargo, según informa Isomorphic Labs, este modelo tenía limitaciones para generalizar en regiones nuevas del espacio molecular, restringiendo su utilidad en el diseño real de fármacos para moléculas no presentes en sus datos de entrenamiento.
Para superar estas restricciones, la compañía desarrolló IsoDDE, que incorpora nuevas arquitecturas y protocolos de entrenamiento, permitiendo predecir estructuras y relaciones incluso en sistemas biológicos poco caracterizados o con compuestos alejados de ejemplos previos. Según el informe técnico, IsoDDE predice con alta precisión interacciones proteína-ligando y proteína-proteína en casos complejos que anteriormente estaban fuera del alcance de las herramientas existentes.
En pruebas comparativas, IsoDDE duplica la tasa de aciertos de AlphaFold 3 en predicciones de estructuras proteína-ligando en desafíos complejos, logrando un éxito del 50% en sistemas totalmente novedosos, una mejora de más de 26 puntos porcentuales. Además, la plataforma destaca en la predicción de afinidades de unión entre moléculas pequeñas, superando en precisión a métodos tradicionales como FEP, y reduciendo significativamente tiempo y costos, facilitando un proceso más eficiente en el descubrimiento de nuevos medicamentos.
IsoDDE también mejora en el diseño de terapias biológicas complejas, especialmente en la predicción de interfaces anticuerpo-antígeno y en el modelado de la región variable CDR-H3 de anticuerpos. Los datos de la empresa muestran que esta plataforma multiplica por 2.3 la precisión en predicciones de interfaces frente a AlphaFold 3, y hasta por 19.8 en comparación con modelos anteriores, ampliando el potencial de terapias basadas en anticuerpos.
Un caso ejemplar es la predicción sobre el receptor cereblon, fundamental para marcar proteínas defectuosas y facilitar su eliminación. Tras 15 años de estudio, se identificó un nuevo sitio de unión críptico que, mediante IsoDDE, fue predicho con precisión y sin información previa, reproduciendo hallazgos experimentales recientes. Esto representa un avance en la identificación de objetivos terapéuticos y estrategias para enfermedades complejas.
La plataforma de Isomorphic Labs detecta automáticamente sitios potenciales de interacción molecular, con una precisión superior a herramientas como P2Rank, y reduce el tiempo de identificación de semanas a segundos. En predicción y optimización de compuestos, IsoDDE mantiene alta correlación con resultados experimentales en diversas familias de proteínas, superando tanto métodos físicos como otras soluciones de inteligencia artificial.
La visión futura de la compañía es llevar medicamentos diseñados íntegramente por inteligencia artificial a ensayos clínicos, sustentada por alianzas estratégicas con empresas como Novartis y Eli Lilly. Según el equipo técnico, IsoDDE representa un cambio en las herramientas para comprender y modular sistemas moleculares en el cuerpo humano, acelerando así la creación de nuevas terapias y abriendo el camino a tratamientos innovadores.
