La elección judicial enfrentó complicaciones, especialmente por la falta de interés de funcionarios, con ausencias que superaron el 50% en algunos estados, provocando retrasos en la apertura de casillas. En Baja California, la mitad de los 25,398 funcionarios fueron reemplazados por renuncias o ausencias, mientras en Tabasco no asistió el 28% y en Querétaro el 17%. En Guanajuato, el INE reemplazó a más de la mitad de los 34,156 funcionarios, y en Tamaulipas, el 47% fue sustituido o no compareció. En Michoacán, el 63% de las casillas operaron con personal incompleto. Las razones incluyen rechazo del material electoral, complejidad del proceso, salud o trabajo. La Coparmex reportó que el 30.9% de las casillas funcionaron con funcionarios incompletos o suplentes y criticó la apertura de casillas con solo tres de seis funcionarios, pese a ser ilegal en condiciones normales. Estas ausencias provocaron retrasos y dificultades en la comunicación, agravadas por lluvias en varias regiones, que incluso obligaron al cierre anticipado de casillas en Guerrero y San Luis Potosí. Además, incidentes de violencia ocurrieron en Michoacán y Guanajuato, incluyendo enfrentamientos con grupos del crimen organizado y la presencia de personas armadas que obligaron al cierre de una casilla. Al final del día, se reportaron dos muertes: un adulto mayor cayó de unas escaleras en Saltillo y una mujer sufrió un infarto en Poza Rica tras votar.
